Abstrak

Pandemi Corona Virus Disease 19 (COVID-19) telah menyerang seluruh negara di dunia termasuk Indonesia dan menjadi isu Kesehatan global, setelah 2 tahun lamanya telah bermunculan berbagai jenis vaksin untuk mengurangi penyebaran COVID-19. Namun virus dari COVID-19 yaitu Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 atau SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi terutama pada protein Spike yang berperan dalam masuknya virus kedalam hostnya. SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi hingga memunculkan berbagai Varian of Concern seperti varian Delta dan varian Omicron yang paling terbaru. Penelitian ini bertujuan untuk memetakan mutasi yang ada di Indonesia, mengetahui efek mutasi terutama pada varian Delta dan Omicron terhadap transmibility dan antibodi netralisasi. Langkah pertama dari penelitian ini ialah memodelkan protein Spike natif, varian delta dan varian omicron kemudian simulasi dinamika molekul Coarse Grained protein spike beserta simulasi RBD dan reseptor ACE2 dan antibodi netralisasi dari vaksin astrazeneka. Hasil simulasi menunjukkan jika terdapat fluktuasi yang tinggi pada RBD varian Omicron akibat adanya mutasi pada daerah tersebut yang menyebabkan meningkatnya interaksi dengan reseptor ACE2 namun mengurangi interaksi dengan antibodi netralisasi. Hasil penelitian ini dapat memberikan informasi terkait efek mutasi yang terjadi sehingga dapat membantu dalam pengembangan desain vaksin yang baru.