Simulasi Coarse Grained Molecular Dynamics (CG-MD) untuk Mempelajari Efek Mutasi Struktur Protein Spike SARS-CoV-2 di Indonesia Sebagai Bagian dari Upaya Genomic Surveillence CoViD-19

Pandemi Corona Virus Disease 19 (COVID-19) telah menyerang seluruh negara di dunia termasuk Indonesia dan menjadi isu Kesehatan global, setelah 2 tahun lamanya telah bermunculan berbagai jenis vaksin untuk mengurangi penyebaran COVID-19. Namun virus dari COVID-19 yaitu Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 atau SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi terutama pada protein Spike yang berperan dalam masuknya virus kedalam hostnya. SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi hingga memunculkan berbagai Varian of Concern seperti varian Delta dan varian Omicron yang paling terbaru. Penelitian ini bertujuan untuk memetakan mutasi yang ada di Indonesia, mengetahui efek mutasi terutama pada varian Delta dan Omicron terhadap transmibility dan antibodi netralisasi. Langkah pertama dari penelitian ini ialah memodelkan protein Spike natif, varian delta dan varian omicron kemudian simulasi dinamika molekul Coarse Grained protein spike beserta simulasi RBD dan reseptor ACE2 dan antibodi netralisasi dari vaksin astrazeneka. Hasil simulasi menunjukkan jika terdapat fluktuasi yang tinggi pada RBD varian Omicron akibat adanya mutasi pada daerah tersebut yang menyebabkan meningkatnya interaksi dengan reseptor ACE2 namun mengurangi interaksi dengan antibodi netralisasi. Hasil penelitian ini dapat memberikan informasi terkait efek mutasi yang terjadi sehingga dapat membantu dalam pengembangan desain vaksin yang baru.

Indonesia

SARS-CoV-2, Varian of Concern, energi Interaksi, ACE 2, Antibodi Netralisasi, Coarse Grained Molecul

Wed Oct 26 2022 08:22:08 GMT+0000 (Coordinated Universal Time)

true

Belum Ada Data