Text

3972- Optimasi Konsentrasi Pereaksi dan Suhu Annealing Primer ARMS-PCR Gen ABCB1 rsI128503 dan rs2032582 (Maura Syafa Islami; Arif Satria W.K., M.Si; Riezki Amalia, Ph.D)

---

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) merupakan variasi pada posisi tunggal dalam urutan DNA di antara individu yang rata-rata terjadi setiap 100-300 pasang basa. SNPs dapat berpengaruh terhadap kerentanan makhluk hidup terhadap penyakit, patogenesis penyakit, dan efikasi dari obat tertentu. Gen ABCB1 merupakan gen pengkode protein transporter P-glycoprotein (P-gp) dan memiliki tiga SNPs yang paling sering diteliti, yaitu C1236T (rs1128503), G2677T/A (rs2032582), dan C3435T (rs1045642). Ketiga polimorfisme ini kerap kali diteliti untuk melihat hubungannya dengan beberapa penyakit, salah satunya tuberkulosis multi-drug resistant (TB-MDR). Untuk mendeteksi SNPs pada lokasi yang telah diketahui dapat digunakanmetode amplified refractory mutation systempolymerase chain reaction (ARMS-PCR).Untuk mendapatkan kondisi reaksi ARMS-PCR yang sesuai,perlu dilakukan pemilihan urutan primer yang spesifikdanoptimasi kondisi PCR sepertisiklus termal dan konsentrasi primer yang digunakan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui kondisi optimal bagi primer ARMS C1236T (rs1128503) dan G2677T/A (rs2032582) dengan menggunakan sampel darah populasi TB-MDR untuk mengetahui spesifitas dan efektifitasnya. Dari hasil penelitian diketahui bahwa primer ARMS C1236T (rs1128503) yang digunakan pada penelitian inidapat dioptimasidengan menggunakan konsentrasi 10 μM pada suhu pre-denaturasi 95oC (5 menit), denaturasi 95oC (30 detik), penempelan primer outer forward-outer reversepada rentang 57-60oC (1 menit) dan outer forward-inner reverse pada rentang 57-64oC (1 menit), pemanjangan 72oC (1 menit), dan pemanjangan akhir 72oC (10 menit). Keadaan optimal tersebut ditandai dengan terbentuknya pita pada gel elektroforesis yang berukuran spesifik dan tebal pita yang dihasilkan. Adapun primer ARMS G2677T/A (rs2032582) yang digunakan pada penelitian ini tidak dapat dioptimasi karena primer yang didesain tidak memberikan reaksi yang spesifik terhadap perubahan basa nukleotida pada urutan DNA.
Kata Kunci: Single nucleotide polymorphism, gen ABCB1, ARMS-PCR.

---

Availability @Fakultas Farmasi

No copy data

Detail Information

Series Title

-

Call Number

3972

Publisher

Jatinangor : Fakultas Farmasi Universitas Padjadjaran., 2019

Collation

-

Language

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Classification

3972

Content Type

-

Media Type

-

Carrier Type

-

Edition

-

Subject(s)

-

Specific Detail Info

-

Statement of Responsibility

-

Other version/related

File Attachment

Comments

---

You must be logged in to post a comment