Text

Simulasi Docking Fevicordin Pada Reseptor Estrogen Manusia

---

Fevicordin memiliki struktur mirip dengan estradiol dan bersifat sitotoksik sehingga berpotensi untuk dikembangkan menjadi obat kanker payudara. Metode docking dapat diterapkan untuk mensimulasikan interaksinya dengan reseptor estrogen-?-manusia yang diketahui berperan dalam perkembangan sel kanker payudara. Informasi simulasi selanjutnya dapat digunakan dalam optimasi aktivitasnya terhadap target. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis interaksi fevicordin dengan LBD (ligand binding domain) reseptor estrogen-?-manusia dengan metode docking, serta memperkirakan afinitas fevicordin terhadap LBD reseptor estrogen-?-manusia. Validasi metode docking AutoDock dilakukan dengan docking balik estradiol x-ray dan estradiol hasil pemodelan pada LBD. Struktur 3D fevicordin dimodelkan menggunakan metode mekanika molekuler dengan medan gaya MM+, sedangkan simulasi dinamika molekuler dengan medan gaya yang sama diaplikasikan untuk membentuk beberapa konformer unik fevicordin. Simulasi docking AutoDock 3.05 dilakukan untuk tiap konformer pada kantung ikatan estradiol x-ray (SP) LBD reseptor estrogen-?-manusia. Kantung ikatan alternatif (AP) ditelusuri dengan paket program Q-SiteFinder dan simulasi docking tiap konformer unik fevicordin dilakukan pada kantung tersebut. Hasil validasi metode docking membuktikan bahwa AutoDock dapat memprediksi mode ikatan estradiol x-ray dan estradiol model sesuai mode ikatan estradiol x-ray sesungguhnya namun nilai prediksi Ki tidak akurat. Model fevicordin berupa suatu konformasi relatif planar terhadap estradiol. Konformer unik fevicordin berjumlah tiga buah yaitu K1 yang relatif planar serta K2 dan K3 yang memiliki tekukan pada kerangka steroid. Konformer K2 lebih sesuai untuk terikat pada SP dengan nilai energi bebas ikatan prediksi sebesar -9,80 kkal/mol dan nilai Ki prediksi sebesar 65,8 nM. Kantung ikatan alternatif (AP) mempunyai volume 460

---

Availability @Fakultas Farmasi

No copy data

Detail Information

Series Title

-

Call Number

2105

Publisher

: Fakultas Farmasi Unpad., 2008

Collation

-

Language

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Classification

2105

Content Type

-

Media Type

-

Carrier Type

-

Edition

NULL

Subject(s)

-

Specific Detail Info

-

Statement of Responsibility

-

Other version/related

File Attachment

Comments

---

You must be logged in to post a comment