Analisis Kesesuaian Marka SSR ( Simple Sequence Repeats ) untuk Identifikasi Keragaman Genetik pada Kacang Bambara Asal Jawa Barat

Main Authors: Nurdianawati, Safarinda, Wicaksana, Noladhi, Anas, Anas
Format: Article info application/pdf Journal
Language: ind
Published: Agrikultura , 2016
Online Access: http://jurnal.unpad.ac.id/agrikultura/article/view/10528
http://jurnal.unpad.ac.id/agrikultura/article/view/10528/4784
ctrlnum article-10528
fullrecord <?xml version="1.0"?> <dc schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd"><title lang="id-ID">Analisis Kesesuaian Marka SSR ( Simple Sequence Repeats ) untuk Identifikasi Keragaman Genetik pada Kacang Bambara Asal Jawa Barat</title><creator>Nurdianawati, Safarinda</creator><creator>Wicaksana, Noladhi</creator><creator>Anas, Anas</creator><description lang="id-ID">ABSTRACT Suitability Analysis of SSR Marker ( Simple Sequence Repeats ) for Genetic Diversity Identification in Bambara Groundnut West Java Origin Bambara groundnut ( Vigna&#xA0;subterranea ) is one of legume crops that has not been widely cultivated. It becomes food alternative sources in Indonesia as it has high of protein and carbohydrate content and low fat. Furthermore, bambara groundnut should be good production in marginal land. Molecular marker has been used for any crop development such as genetic diversity, matting system, clones identification, etc. This research used neutral genetic markers (SSR) to study genetic diversity in Bambara groundut population from West Java. Fifteen primers has used and the results showed that primer 1 and primer 19 were polymorphic and informative because the locus has high HE (heterozygosity) and PIC (Polymorphic Information Content) value compare to others. The higher HE and PIC value the more informative to distinguish each individual between genotype in one population. Keywords: Bambara groundnut ( Vigna subterranea ), Genetic diversity, Simple sequence repeats (SSR) &#xA0;ABSTRAK Kacang bambara ( Vigna subterranea ) merupakan salah satu tanaman legume yang belum terlalu banyak dibudidayakan dan dapat menjadi sumber pangan alternative di Indonesia karena kandungan protein dan karbohidratnya&#xA0; cukup tinggi dan rendah lemak. Selain itu, tanaman ini juga dilaporkan dapat berproduksi dengan baik pada lahan-lahan marginal. Penggunaan marka molekuler telah banyak digunakan pada tanaman untuk berbagai tujuan antara lain untuk mengevaluasi keragaman genetik suatu populasi, menduga system perkawinan, identifikasi klon dan lain-lain. Dalam penelitian ini digunakan marka netral (SSR) untuk mempelajari keragaman genetik populasi Kacang bambara ( Vigna subterranea ) asal Jawa Barat. Dari lima belas primer, primer 1 dan primer 19 merupakan primer yang bersifat polimorfik dan informative karena lokus tersebut memiliki nilai HE (heterozigositas) dan PIC ( P o l y m o r p h i c I n f o r m a t i o n Con tent ) yang tinggi dibandingkan dengan primer-primer lainnya. Semakin tinggi nilai HE dan PIC yang dihasilkan maka primer tersebut semakin informatif dalam membedakan individu antar genotip dalam populasi. Kata Kunci : Kacang bambara ( Vigna subterranea ), Keragaman genetik, Simple Sequence Repeats (SSR)</description><publisher lang="id-ID">Agrikultura</publisher><publisher lang="en-US">Agrikultura</publisher><contributor lang="id-ID"/><date>2016-12-27</date><type>Journal:Article</type><type>Other:info:eu-repo/semantics/publishedVersion</type><type>Other:</type><type>File:application/pdf</type><identifier>http://jurnal.unpad.ac.id/agrikultura/article/view/10528</identifier><source lang="id-ID">Agrikultura; Vol 27, No 2 (2016)</source><source lang="en-US">Agrikultura; Vol 27, No 2 (2016)</source><language>ind</language><relation>http://jurnal.unpad.ac.id/agrikultura/article/view/10528/4784</relation><rights lang="id-ID">Copyright (c) 2016 Agrikultura</rights><recordID>article-10528</recordID></dc>
language ind
format Journal:Article
Journal
Other:info:eu-repo/semantics/publishedVersion
Other
Other:
File:application/pdf
File
Journal:Journal
author Nurdianawati, Safarinda
Wicaksana, Noladhi
Anas, Anas
title Analisis Kesesuaian Marka SSR ( Simple Sequence Repeats ) untuk Identifikasi Keragaman Genetik pada Kacang Bambara Asal Jawa Barat
publisher Agrikultura
publishDate 2016
url http://jurnal.unpad.ac.id/agrikultura/article/view/10528
http://jurnal.unpad.ac.id/agrikultura/article/view/10528/4784
contents ABSTRACT Suitability Analysis of SSR Marker ( Simple Sequence Repeats ) for Genetic Diversity Identification in Bambara Groundnut West Java Origin Bambara groundnut ( Vigna subterranea ) is one of legume crops that has not been widely cultivated. It becomes food alternative sources in Indonesia as it has high of protein and carbohydrate content and low fat. Furthermore, bambara groundnut should be good production in marginal land. Molecular marker has been used for any crop development such as genetic diversity, matting system, clones identification, etc. This research used neutral genetic markers (SSR) to study genetic diversity in Bambara groundut population from West Java. Fifteen primers has used and the results showed that primer 1 and primer 19 were polymorphic and informative because the locus has high HE (heterozygosity) and PIC (Polymorphic Information Content) value compare to others. The higher HE and PIC value the more informative to distinguish each individual between genotype in one population. Keywords: Bambara groundnut ( Vigna subterranea ), Genetic diversity, Simple sequence repeats (SSR) ABSTRAK Kacang bambara ( Vigna subterranea ) merupakan salah satu tanaman legume yang belum terlalu banyak dibudidayakan dan dapat menjadi sumber pangan alternative di Indonesia karena kandungan protein dan karbohidratnya cukup tinggi dan rendah lemak. Selain itu, tanaman ini juga dilaporkan dapat berproduksi dengan baik pada lahan-lahan marginal. Penggunaan marka molekuler telah banyak digunakan pada tanaman untuk berbagai tujuan antara lain untuk mengevaluasi keragaman genetik suatu populasi, menduga system perkawinan, identifikasi klon dan lain-lain. Dalam penelitian ini digunakan marka netral (SSR) untuk mempelajari keragaman genetik populasi Kacang bambara ( Vigna subterranea ) asal Jawa Barat. Dari lima belas primer, primer 1 dan primer 19 merupakan primer yang bersifat polimorfik dan informative karena lokus tersebut memiliki nilai HE (heterozigositas) dan PIC ( P o l y m o r p h i c I n f o r m a t i o n Con tent ) yang tinggi dibandingkan dengan primer-primer lainnya. Semakin tinggi nilai HE dan PIC yang dihasilkan maka primer tersebut semakin informatif dalam membedakan individu antar genotip dalam populasi. Kata Kunci : Kacang bambara ( Vigna subterranea ), Keragaman genetik, Simple Sequence Repeats (SSR)
software_str ojs
id IOS49.article-10528
institution Universitas Padjadjaran
institution_id 454
institution_type library:university
library
library Fakultas Pertanian
library_id 21
collection Agrikultura
repository_id 49
subject_area Pertanian
city BANDUNG
province JAWA BARAT
repoId IOS49
first_indexed 2017-01-27T03:18:15Z
last_indexed 2017-01-27T03:32:30Z
recordtype dc
_version_ 1561211479289495552
score 12.0878725